Setidaknya ada tiga keterangan tentang muasal nama Surabaya. Keterangan pertama menyebutkan, nama Surabaya awalnya adalah Churabaya, desa tempat menyeberang di tepian Sungai Brantas. Hal itu tercantum dalam prasasti Trowulan I tahun 1358 Masehi. Nama Surabaya juga tercantum dalam Pujasastra Negara Kertagama yang ditulis Mpu Prapanca. Dalam tulisan itu Surabaya (Surabhaya) tercantum dalam pujasastra tentang perjalanan pesiar pada tahun 1365 yang dilakukan Hayam Wuruk, Raja Majapahit.

Namun Surabaya sendiri diyakini oleh para ahli telah ada pada tahun-tahun sebelum prasasti-prasasti tersebut dibuat. Seorang peneliti Belanda, GH Von Faber dalam karyanya En Werd Een Stad Geboren (Telah Lahir Sebuah Kota) membuat hipotesis, Surabaya didirikan Raja Kertanegara tahun 1275, sebagai pemukiman baru bagi para prajuritnya yang telah berhasil menumpas pemberontakan Kemuruhan tahun 1270 M.

Versi berikutnya, nama Surabaya berkait erat dengan cerita tentang perkelahian hidup dan mati antara Adipati Jayengrono dan Sawunggaling. Konon, setelah mengalahkan tentara Tartar (Mongol), Raden Wijaya yang merupakan raja pertama Majapahit, mendirikan kraton di Ujung Galuh, sekarang kawasan pelabuhan Tanjung Perak, dan menempatkan Adipati Jayengrono untuk memimpin daerah itu. Lama-lama Jayengrono makin kuat dan mandiri karena menguasai ilmu Buaya, sehingga mengancam kedaulatan Majapahit.

Untuk menaklukkan Jayengrono, diutuslah Sawunggaling yang menguasai ilmu Sura. Adu kesaktian dilakukan di pinggir Sungai Kalimas dekat Paneleh. Perkelahian adu kesaktian itu berlangsung tujuh hari tujuh malam dan berakhir tragis, keduanya meninggal kehabisan tenaga.

Dalam versi lainnya lagi, kata Surabaya muncul dari mitos pertempuran antara ikan Suro (Sura) dan Boyo (Baya atau Buaya), perlambang perjuangan antara darat dan laut. Penggambaran pertarungan itu terdapat dalam monumen suro dan boyo yang ada dekat kebun binatang di Jalan Setail Surabaya

Versi terakhir, dikeluarkan pada tahun 1975, ketika Walikota Subaya Soeparno menetapkan tanggal 31 Mei 1293 sebagai hari jadi Kota Surabaya. Ini berarti pada tahun 2005 Surabaya sudah berusia 712 tahun. Penetapan itu berdasar kesepakatan sekelompok sejarawan yang dibentuk pemerintah kota bahwa nama Surabaya berasal dari kata sura ing bhaya yang berarti keberanian menghadapi bahaya.