Sejarah Kabupaten Kudus tidak terlepas dari Sunan Kudus. Karena keahlian dan ilmunya, maka Sunan Kudus diberi tugas memimpin para Jamaah Haji, sehingga beliau mendapat gelar “Amir Haji” yang artinya orang yang menguasai urusan para Jama’ah Haji. Beliau pernah menetap di Baitul Maqdis untuk belajar agama Islam.

Ketika itu disana sedang berjangkit wabah penyakit, sehingga banyak orang yang mati. Berkat usaha Ja’far Shoddiq, wabah tersebut dapat diberantas. Atas jasa-jasanya, maka Amir di Palestina memberikan hadiah berupa Ijazah Wilayah, yaitu pemberian wewenang menguasai suatu daerah di Palestina. Pemberian wewenang tersebut tertulis pada batu yang ditulis dengan huruf arab kuno, dan sekarang masih utuh terdapat di atas Mihrab Masjid Menara Kudus.

Sunan Kudus memohon kepada Amir Palestina yang sekaligus sebagai gurunya untuk memindahkan wewenang wilayah tersebut ke pulau Jawa. Permohonan tersebut dapat disetujui dan Ja’far Shoddiq pulang ke Jawa. Setelah pulang, Ja’far Shoddiq mendirikan Masjid di daerah Kudus pada tahun 1956 H atau 1548 M. Semula diberi nama Al Manar atau Masjid Al Aqsho, meniru nama Masjid di Yerussalem yang bernama Masjidil Aqsho. Kota Yerussalem juga disebut Baitul Maqdis atau Al-Quds. Dari kata Al-Quds tersebut kemudian lahir kata Kudus, yang kemudian digunakan untuk nama kota Kudus sekarang. Sebelumnya mungkin bernama Loaram, dan nama ini masih dipakai sebagai nama Desa Loram sampai sekarang. Masjid buatan Sunan Kudus tersebut dikenal dengan nama masjid Menara di Kauman Kulon. Sejak Sunan Kudus bertempat tinggal di daerah itu, jumlah kaum muslimin makin bertambah sehingga daerah disekitar Masjid diberi nama Kauman, yang berarti tempat tinggal kaum muslimin.

Hari Jadi Kota Kudus di tetapkan pada tanggal 23 September 1549 M dan diatur dalam Peraturan Daerah (PERDA) No. 11 tahun 1990 tentang Hari Jadi Kudus yang di terbitkan tanggal 6 Juli 1990 yaitu pada era Bupati Kolonel Soedarsono. Hari jadi Kota Kudus dirayakan dengan parade, upacara, tasyakuran dan beberapa kegiatan di Al Aqsa / Masjid Menara yang dilanjutkan dengan ritual keagamaan seperti doa bersama dan tahlil.