Dalam perang Diponegoro, R.Tumenggung Dipoyudo IV berjasa kepada pemerintah mataram, sehingga di usulkan oleh Sri Susuhunan Pakubuwono VII untuk di tetapkan menjadi bupati banjar berdasarkan Resolutie Governeor General Buitenzorg tanggal 22 agustus 1831 nomor I, untuk mengisi jabatan Bupati Banjar yang telah dihapus setatusnya yang berkedudukan di Banjarmangu dan dikenal dengan Banjarwatulembu. Usul tersebut disetujui.

Persoalan meluapnya Sungai Serayu menjadi kendala yang menyulitkan komunikasi dengan Kasunanan Surakarta. Kesulitan ini menjadi sangat dirasakan menjadi beban bagi bupati ketika beliau harus menghadiri Pasewakan Agung pada saat-saat tertentu di Kasultanan Surakarta. Untuk mengatasi masalah ini diputuskan untuk memindahkan ibukota kabupaten ke selatan Sungai Serayu.
Daerah Banjar (sekarang Kota Banjarnegara) menjadi pilihan untuk ditetapkan sebagai ibukota yang baru. Kondisi daerah yang baru ini merupakan persawahan yang luas dengan beberapa lereng yang curam. Di daerah persawahan (Banjar) inilah didirikan ibukota kabupaten (Negara) yang baru sehingga nama daerah ini menjadi Banjarnegara (Banjar : Sawah, Negara : Kota).

R.Tumenggung Dipoyuda menjabat Bupati sampai tahun 1846, kemudian diganti R. Adipati Dipodiningkrat, tahun 1878 pensiun. Penggantinya diambil dari luar Kabupaten Banjarnegara.
Gubermen (pemerintahan) mengangkat Mas Ngabehi Atmodipuro, patih Kabupaten Purworejo(Bangelan) I Gung Kalopaking di panjer (Kebumen) sebagai penggantinya dan bergelar Kanjeng Raden Tumenggung Jayanegara I. Beliau mendapat ganjaran pangkat "Adipati" dan tanda kehormatan "Bintang Mas"
Tahun 1896 beliau wafat diganti putranya Raden Mas Jayamisena, Wedana distrik Singomerto (Banjarnegara) dan bergelar Kanjeng Raden Tumenggung JayanegaraII.
Dari pemerintahan Belanda Raden Tumenggung Jayanegara II mendapat anugrah pangkat "Adipati Aria" Payung emas Bintang emas besar, Officer Oranye. Pada tahun 1927 beliau berhenti, pensiun. Penggantinya putra beliau Raden Sumitro Kolopaking Purbonegoro, yang juga mendapat anugrah sebutan Tumenggung Aria, beliau keturunan kanjeng R. Adipati Dipadingrat, berarti kabupaten kembali kepada keturunan para penguasa terdahulu. Diantara para Bupati Banjarnegara, Arya Sumitro Kolopaking yang menghayati 3 jaman, yaitu jaman Hindia Belanda, Jepang dan RI, dan menghayati serta menangani langsung Gelora Revolusi Nasional (1945 - 1949).
Ia mengalami sebutan "Gusti Kanjeng Bupati", lalu "Banjarnegara Ken Cho" dan berakhir "Bapak Bupati".